右クリックのメニューに出てくるGitExtensionsのコマンドを削除する方法。

GitExtensionsを入れたら、エクスプローラーで右クリックしたら出てくるメニュー(コンテキストメニュー)にGitExtensionsのコマンドがいろいろ表示されるようになりました。

不必要なのでこれを消したいという場合は、

cd c:\Program Files (x86)\GitExtensions or where you installed GitExtensions
regsvr32 /u GitExtensionsShellEx32.dll
regsvr32 /u GitExtensionsShellEx64.dll if you have 64bit Windows

のようにします。

5/20現在でissueに提案されてるのでそのうちGitExtensions上で設定できるようになるかもですね。
Add "Remove Shell Extensions" in Settings Menu · Issue #1821 · gitextensions/gitextensions · GitHub